Romanen består af fem dele - hver fortæller om en af Herrens henrettelser, der faldt på jorden, som profeten Ezekiel forudsagde.
Første del - ”Lignelsen om den mistede brors” - fortæller om den anden henrettelse - sult. Scenen er et sultent Ukraine i tider med kollektivisering; 1933. I et landligt tehus prøver Maria, en tiggerpige, at bede noget om Kristus af hensyn til, men ingen giver hende - undtagen for en jødisk dreng, der deler urent eksilbrød med hende. Landsbyboerne er rasende over den fremmede handling; pigens brød er taget. Drengen, der gav sit brød, er Dan, Aspid, Antikrist, bror til Kristus Messias. Gennem profeternes åbenbaringer kommunikerer han med Herren, som sendte ham til jorden, til Rusland, da dette folk løj for Herren, forladte ham - og dermed erstattede træokket med jernoket.
Pigen Maria vender sammen med sin yngre bror Vasya tilbage til deres sultne landsby. Moderen beslutter at adskille familien - at kaste et af børnene til en fremmed, bare forlade nogen; hun rejser til arbejde i en anden by. Før hun rejser, fører hun Mary og Vasya til byen; til et sultent barn serverer en fremmed brød igen, men hans mor kaster et "ikke vores, ikke-ortodokse" stykke ud. Senere i byen beder børnene igen Antikrist om almisse, men denne gang bliver de stoppet af en politibetjent - tiggeri er forbudt.
Forladt af moren falder børnene i modtageren. De får en guide, så de med deres hjælp kan vende hjem. På vejen voldtager dirigenten Mary og undslipper. Børnene går igen i ly. om aftenen fortæller vagten dem en historie om "Guds barn" af "Jesus Kristus", tortureret af jøderne. Mary bliver ført væk fra byen. Pigen løber væk; Når hun var alene i et snedækket felt, vandrer hun gennem det, græder med Guds råb, hvorfra hjertet oplyses. Maria leder efter sin ældre søster Ksenia, hun har boet i sit hus i omkring et år. Når hun først bliver et unødvendigt vidne til familiescener (hendes søster snyder sin mand og sin elsker), og hun bliver sendt tilbage til landsbyen. Også der er ingen glade; grædende fra uretfærdighed, vandrer Mary rundt i marken; der møder hun Dan, Antikrist. Da hun bliver spurgt om årsagen til tårene, svarer pigen: "fordi de jødiske jøder dræbte Guds søn, og han er nu i himlen, og Vasya, min bror, på jorden, i byen Izum." Så Jesajas profeti blev til virkelighed: "Jeg blev åbenbaret for dem, der ikke spurgte om mig, de, der fandt mig, søgte ikke mig."
Mary tager til Kerch til sin mor. Efter nogen tid dør moderen, Mary bliver en havneprostitueret. En gang, sulten, møder hun igen Dan, han giver hende urent brød. Mary betaler ham med sin kærlighed. Antikrist går videre; jorden og folket for at lyve for Herren er bestemt til den anden dom - sværdet. Mary, der er dømt for prostitution og svage, føder en søn, Vasya, i fængsel fra Dan. I 1936 dør hun.
Den anden del begynder med en diskussion om efterligning af Herren - instinktivt eller gennem sindet. Forfatteren forsvarer ideen om, at jøder ikke er bedre og ikke dårligere mennesker; men dette folk er bemærkelsesværdigt for dets profeter, der vidste, hvordan de skulle lytte til Herren. I ”Lignelsen om de ugudes lidelse” fortælles pigen Annushka. Hun bor i Rzhev med sin mor og to brødre; en af dem dør gennem sin søsters skyld. Når tyvene engang kommer til Annushka; under efterforskningen peger pigen på en uskyldig mand - han bliver sendt i fængsel. Mødre får en ny lejlighed. Når Dan er kommet, kommer Antikristen til Annushka. Undersøgelse af vægmalerier på væggene (Annushka bor i en tidligere kirke - på grund af tapetet på væggen vises Kristi ansigt), reflekterer han over det faktum, at kirkerne erstattede Kristus med et idol, afmagret af den Alexandriske munk; nu, i foråret 1941, blev denne munk på sin side erstattet af den "assyriske badehus-ledsager" - Stalin. Over hytterne i Rzhev har Antikrist en vision om et sværd - Herrens ord går i opfyldelse: "Ve blodsbyen, og jeg vil slukke en stor ild." Krigen begynder. Annushkas mor dør; pige går til børnehjemmet. Annushka, der formåede at kommunikere med tyskerne under besættelsen, lærte at hader jøderne. Børnehjem pige Shulamith irriterer hende. At være klar over det faktum, at en jøde under evakueringen kom til en god adoptivmor, informerer Annushka tyskerne om, at Sulamith er ikke-russisk. En jødinde dræbes, Annushka sendes til Tyskland for at arbejde. Før hendes afgang kommer Dan til toget og beder pigen om at læse højt i Tyskland et ark papir, som han giver hende. Antikrist skal forbande tyskerne, som Herren engang forbandede Babylon gennem Jeremia. Profeten selv kan ikke komme ind i det ugudelige land.
En af kvinderne, der blev stjålet sammen med Annushka, beder Dan om at tage sit barn, pigen Pelageya. Tyskerne, som bemærkede en jøde, prøver at dræbe ham, men det er umuligt at dræbe Antikrist.
Annushka opfylder Dan's ærinde - det ugudelige Tyskland, der hader Gud og hans elskede folk, er forbandet. Annushka selv dør snart af feber.
Handlingen med ”Lignelsen om utroskap”, der fortæller om den tredje henrettelse - begjær, finder sted i 1948. Kolosov-familien bor i Volga-byen Bor - frontliniesoldat Andrei, hans kone Vera og to døtre, Tasya og Ustya. En mærkelig jødisk familie bor i nærheden - Dan Yakovlevich og hans datter Rufina, som er helt forskellige fra en jødinde. Vera Koposova, hvis forhold til hendes mand er meget kompliceret (han mener, at hans kone var utro med ham under krigen), efter at have mødt Dan, forelsker sig i ham. Når hun er klar over, at hun ikke direkte kan forføre en jøde, bringer hun sin datter Tasya med sig. Hun forelsker sig også i Dana, de mødes. Om disse datoer finder far ud af det. Sammen med svindleren Pavlov forsøger de at dræbe Antikrist, men dette er ikke muligt. Tro kommer til Dan og tilbyder hendes forbøn i bytte for at sove med hende. Antikrist, en kærlig datter, er tvunget til at begå hor med sin mor. Rufina viste sig ved et uheld at være et vidne til deres møde, og Tasia ser alt og taler om morens synd mod sin far. Han prøver først at dræbe sin kone, så dør den dag af sorg. Rufina flyver i mellemtiden ind i skoven; der blev hun næsten voldtaget af den lumskende antisemit Pavlov; pigen gemmes kun ved udseendet af to dypper. Efter oplevelsen indser Ruth, at hun er en profetinde og forsoner sig med sin far, en forbandelse, der er renset for sin synd.
Del fire, hvis grundlag er "Lignelsen om Åndens sygdom", fortæller om forfølgelse af jøder i de tidlige 1950'ere. Lignelsen indledes med en introduktion - forfatterens refleksion over russisk antisemitisme. For denne åndelige sygdom sender Gud den fjerde straf - sygdom, skadedyr.
To børn, Nina og Misha, fra Vitebsk, kommer til Moskva til Ivolgin-familien, der består af en jødisk kunstkritiker, hans russiske kone Claudius og deres søn Savely. De er nevøerne fra Claudius; deres forældre blev arresteret på anklager om hviderussisk nationalisme. Orioles, mennesker, der er bange for alt, som skjuler deres jødedom på enhver måde, forlader deres børn. Familien Ivolgin overvåges stiltiende af to af deres lejlighedens naboer - en jødisk vagtmester Dan Yakovlevich og hans datter. I landet er der på dette tidspunkt massive afsløringer af jødiske kosmopolitere. Den feige Ivolgin, der forsøgte at beskytte sig mod arrestation ved at deltage i forfølgelsen af hans folk, blev snart også arresteret. Ved det første forhør dræber en efterforsker ham.
Efter 1953 har den enke Claudia en ny beundrer - den gamle mand fra Ilovaisky, en rimelig antisemit. Han har haft en lang debat med Dan om russisk kristendom. Som et eksempel bryder en gammel mand en kop: det hele er simpelt; ødelagt, bliver kompliceret. Dan, Antikrist, mener, at det er umuligt at argumentere for Ilovaisky - Kristendommen er for forvrænget i de græske og middelalderlige fortolkninger. Det ord, som John og Ilovaysky taler om, forringer faktisk kun betydningen.
Forordet til den femte del - ”Lignelsen om den brudte kalk” - er forfatterens diskurs om forholdet mellem jødedom og kristendom. Heltene i den femte del er Antikristens børn fra forskellige mødre: Andrei Koposov, Veras søn, Vasily Korobkov, søn af Maria og Pelageya-Ruth, profetinnen, den adopterede datter af Dan. Vasily, Andrei og Savely Ivolgin studerer ved det litterære institut. Andrew kommer selv til Bibelen og forstår dens betydning - det modsatte af den kristne. Engang konverterer unge mennesker på et modeshow i Tretyakov Gallery; Pelagia genkender i en militant antisemit Vasily sin fars søn. Han forbandende "jøderne" gør en skandale. Efter at have overbevist sig om sin lighed med sin far, en "jøde", hænger Vasily sig selv.
Andrei besøges af hans mor, Vera Koposova. Hun fortæller ham, at han er Dan's søn. Andrei, den "gode frø", møder sin far; den samlede familie fejrer stille den jødiske religiøse ferie.
Da han er halvvoksen af ulukket begjær, skaber Saveliy to “filosofiske mænd” i en alkymisk kolbe. I samtaler med dem lærer han svarene på de vigtigste spørgsmål - om stierne til Gud, om sandhed, godt og ondt, om den rationelle retfærdiggørelse af tro på Gud. Han falder til sidst i vanvid, og han blev ført til et mentalt hospital.
Pelagia, der lever en jomfru, føler, at tiden er inde til at blive en kvinde. Efter eksemplet med Lots døtre forfører hun sin far, Antikrist. Han føler, at Herrens plan gennemføres, voldtager hende, mens han er beruset. Profetinde Pelagia undfanger en søn fra Antikrist. Den, der har gjort alt, der er bestemt for ham på jorden, dør. Før sin død instruerer han sin søn Andrei, der går til Gud på den sværeste måde - gennem sindet, gennem tvivl.
Pelagias søn og Antikrist, også Dan, lytter, mens hans mor læser for ham profeterne Deuteronomi, længe før Kristus udtrykte de samme ideer.
Andrei, Pelagia med sin søn, og Saveliy, helede, gå ud af byen til skoven. Når man ser på den hårde vinterkarakter, forstår de essensen af antagonismen mellem Kristus og Antikrist: den første er beskytter af syndere og forfølgere, den anden nedladende ofre for forfølgelse. Regningen for forfølgelse nærmer sig, den femte værste henrettelse - tørst efter Herrens ord, hvorfra Kristus ikke vil frelse.
