En japansk industrialist, under indflydelse af amerikansk mode, besluttede at begynde at bygge individuelle atomkrise, men de kunne ikke etablere masseproduktion, og det eneste byggede husly blev forladt. Fem år senere opførte byggefirmaet ved hjælp af bunkeren som fundament en bygning i tre etager, hvis bagside støder op til skråningen. I dette hus bosatte sig en mand, der frivilligt forlod samfundet. I den nylige fortid var han personlig beretningssekretær for en berømt politiker, giftede sig med sin datter og annoncerede atomkrise i et byggefirma, som hans svigerfar kontrollerede.
Men en fin dag tog han fra sin kone en fem år gammel søn, som lægerne anså for at være psykisk handicappede og begyndte at leve med barnet som en eneboer i et husly. Han udnævnte selv advokat for dem, som han elskede mest i denne verden - træer og hvaler. Han skiftede navn for at fremhæve sin nye essens og begyndte at kalde sig selv Ooki ("mægtigt træ") Isana ("modig fisk"). Han er engageret i at se på fotos af hvaler og se gennem kikkert for træer, der vokser udenfor. For at være tættere på naturen lavede han et hul i gulvet i bunkeren 30 × 30 centimeter og kastede sig til tanke og satte sine blotte fødder på ægte jord. Isana tapede forskellige fuglers stemmer, og hans søn Dzin lærte at genkende dem præcist: det viste sig, at drengen har en usædvanlig ivrig hørelse.
En gang der sker en hændelse i et sumpet lavland, der er synligt fra vinduerne i et husly. En ung pige forfører en politiagent, og hendes venner angriber ham og tager pistolen væk. For at redde sig selv vælger agenten den svageste af angriberen og lægger en håndjern på sin hånd, mens han klikker på den anden håndjern på sin hånd. Teenagere slå agenten, og drengen prøver at skære hånden af for at flygte. En politiagent løsner håndjernet og løber væk, og teenagere skriger efter ham i lang tid.
Idet træerne var dækket med ungt løv og fik en følelse af deres fuldstændige sikkerhed, føler Isana, åndeligt forbundet med dem, sig også beskyttet og forlader husly. Som planter vågner han op fra dvaletilstand og søger en vej ud for den energi, der er samlet i ham. Sammen med Jin går han på bussen og går til parken, men de ankommer for sent: parken er allerede lukket, og forlystelserne fungerer ikke. Vagten savner dem alligevel, og i en øde park møder de en gruppe aggressive teenagere, hvoraf den ene har en bandaget hånd. Isana føler en uovertruffen frygt og har travlt med at vende tilbage til husly. At gå til butikken og forlade Jin alene hjemme, oplever Isana også frygt. Han har mareridt om natten. Han har en fornemmelse af, at deres husly bliver overvåget hele tiden. Når han først opdager en tegning på husets væg - en cirkel og et kors. Isana maler ved siden af dette øjenmønster. Han møder en pige i nærheden af hans hus, der tilbyder ham at sove i omklædningsrummet til den berømte skuespillerinde i et forladt filmstudie, der ligger lidt længere væk fra det sumpede lavland. Isana svarer intet og forlader, og om natten hører teenagernes trampe på taget og bekymrer sig om Jin, hvis skrøbelige balance er så let at blive forstyrret.
Den næste dag kigger Isana gennem kikkert i ruinerne af et filmstudie og ser en nøgen pige i vinduet på pavillonen. Pludselig bemærker han en gruppe teenagere, der beskylder ham for at have spioneret efter dem. De spørger, hvorfor Isana og Jin bor her uden at tale med nogen. Isana forklarer dem, at han er advokat for træer og hvaler. Efter at have truet med repressalier tvang teenagere Isan til at lade Boy i hans hus, en teenager, hvis sår begyndte at feste, og Inago, netop den pige, der foreslog Isan at sove med hende. Isana går på apoteket til medicin til patienten, mens Inago passer på Jin. Til Isans overraskelse behandler pigen babyen omhyggeligt og opmærksom.
En af teenagere, Takaki, fortæller Isana om hvaltræet. Som barn hørte Takaki om ham, drømte om ham, men så ham aldrig. Navnet "Whale Tree" giver Isan en varm følelse, det begynder også at virke for ham, at et sådant træ findes. Vender tilbage fra apoteket falder Isana af cyklen. Teenagere griner og overhovedet ikke tænker på, at han kan blive såret. Isana undrer sig over deres grusomhed. Takaki ankommer til Isana i en stjålet bil og fortsætter historien om hvaltræet. Et par dage senere viser Takaki Isana en cache af teenagere: de bosatte sig i et forladt filmstudie. De demonterede skonnerten, som en af dem skulle beskytte, trak den i dele til en af pavillonerne, og der samlet de den og begyndte at studere den maritime forretning, så den senere kunne sejle. Teenagere er forenet i Union of Free Mariners og bor lige her og udstyrer aflukke i kælderen.
At se, at Takaki bragte Isan, Drengen, der næsten var kommet sig og vendte tilbage til skonnerten, ville skyde "denne skøre mand": Ingen andre skulle vide om deres cache. Isana er ikke bange for døden: Inago bekymrer sig så godt for drengen, at han kan klare sig uden en far. Men Isana skal udføre sin mission - at fortælle nyankomne fra andre verdener, at det ikke var mennesket, der regerede på jorden, men hvaler og træer. Kampen er bange for, at Isana vil rapportere dem til politiet, men alle de andre teenagere er gennemsyret af tillid til Isan og tilbyder ham at slutte sig til dem.
En mand med tilnavnet Korotky, der allerede er fyrre år gammel, så han er endnu ældre end Isan, siger, at han ved femogtredive år pludselig begyndte at skrumpe sammen og er stadig ved at krympe. Faktisk virker hans lemmer for lange sammenlignet med en alt for kort krop. Han blev sendt til et psykiatrisk hospital, men han slap derfra. Han har ingen plads i almindelige menneskers verden, og han føler sig normal i et samfund med unge. Når vi lytter til Isans tankegang om træer og hvaler, konkluderer teenagere, at han har det, de mangler: evnen til at sætte deres tanker i ord. De tror, at hans fremragende kommando af ordet kan være nyttigt for dem.
Isana tilstår for sine teenagere sine synder: da han var hans sekretær for sin svigerfar, bragte han drenge til ham og forkæle hans perversioner. En gang dræbte de en dreng ved et uheld, og siden da har Isana ikke kendt fred. Som en "specialist i ord" begynder Isan at studere engelsk med teenagere og vælger denne "Moby Dick" og Dostojevskij i en engelsk oversættelse. Først frygter han, at samtalerne med den gamle mand Zosima virker for moralske for teenagere, men de lytter med stor interesse, og ordet ”bøn” fanger dem bogstaveligt talt. Til Isans overraskelse blev unge meget glade for Jin og nød at lytte til seriøs musik. Isana lever i forventning om verdens ende, og teenagere venter på det store jordskælv - de har meget til fælles.
Teenagere tiltrækkes af Union of Free Mariners af en soldat fra selvforsvarsstyrkerne - elskede Inago. De vil have ham til at lære dem, hvordan man håndterer våben. Isana beder sin kone Naobi om at finde et sted på kysten, hvor han og hans venner kunne bo to til tre uger. Naobi finder et sådant sted for dem i Izu, men Korotky foretager et forræderi der - fotograferer militærøvelserne fra Union of Free Mariners og sælger fotografier til det ugentlige. Han vil tvinge teenagere til at dræbe ham og tro på, at forbrydelsen vil forene dem og gøre Union of Free Mariners til en militær organisation. Teenagerne arrangerer en retssag mod Korotky, hvor en af dem - Tamakichi - ved en fejltagelse sårer Korotky. Når de er klar over, at det korte sår er dødeligt, beslutter teenagere at henrette ham. Hver af dem kaster en sten mod ham. Isana og soldaten står fra hinanden. En soldat, der griber fat i en indlæst maskingevær og kaster Inago, sidder på en motorcykel og løber væk, teenagerne begiver sig ud for forfølgelse. En af dem - Tamakichi - kaster en granat på en fiskeskonnert. Skonnerten lyser op, og mistanken falder over soldaten. En soldat begår selvmord. Inago bliver elskerinde til Isan, Isan, Dzini, Inago vender tilbage til Tokyo, som tilflugt. Der bliver de mødt af teenagere: De ødelægger et filmstudie, de havde ingen steder at gå hen, og efter at have brudt et vindue klatrede de ind i Isans husly.
I paviljongen i filmstudiet var der kun en kamp: Han accepterede aldrig at forlade skonnerten. Så at hun ikke falder i de forkerte hænder, sprænger han det op. Arbejdere, der ødelægger et filmstudie, slog Boy. Tamakichi bringer den døende kammerat til en klinik ved Tokyo University og forlader ham i arkaden. Teenagere overvejer, hvad de skal gøre næste. Isana beder Naobi om at hjælpe med at få pengene til, at skibet kan sejle med teenagere. Naobi nominerede sig selv til valget, og Isana håber, at det er mere rentabelt for hende at få sin mand og søn til at svømme i havet og beskytte hvalerne snarere end at sidde i en atomisk tilflugtssted. Naobi lover at tilbyde byggefirmaet at købe husly og jord fra Isan - provenuet vil være nok til den planlagte virksomhed. Bare i tilfælde af, at unge leverer madforsyninger - hvis de bliver belejret, har de brug for dem i et husly, men hvis de forventes at sejle, vil de tage dem med sig. For ikke at bringe barnet i fare, tilbyder teenagere Isan og Jin at forlade ly, men Isana vil informere sin kone om, at de og Jin bliver taget som gidsler - så vil hun helt sikkert stille et skib til deres rådighed. Politibiler er synlige fra huslyvinduet. En motoriseret troj omgivede bygningen. Teenagere skyder, politiet fyrede tåregas. De opfordrer de belejrede til at overgive sig.
Teenagere venter på ankomsten af Isans kone. Naobi ankommer, men hævder, at selv i navnet på sit barns liv, vil hun ikke indgå en aftale med kriminelle. Teenagere kæmper modigt, men magten er ikke på deres side, og de dør den ene efter den anden. Det bliver klart, at de ikke længere har brug for skibet: de kunne stadig ikke sejle, fordi navigatøren og radiooperatøren blev dræbt. Tamakichi har til hensigt at kæmpe til slutningen, men han ønsker ikke, at Union of Free Mariners forsvinder sporløst. Han inviterer Takaki til at forlade og genoplive ham. Isana fratræder som specialist ifølge Union of Free Mariners, nu er han fuldt ud forpligtet til at fungere som en hval- og træadvokat. Takaki indrømmer, at hans historie om hvaltreet er en fiktion, men Isana gør indsigelse mod, at så snart han ikke kan gå hjem til Takaki og være overbevist om dette, er intet der forhindrer ham i at tro, at hvaltreet findes. Takaki med et hvidt flag forlader husly, efterfulgt af Inago med Jin i sine arme og en læge (en tidligere studerende ved et medicinsk institut). Mens de går til bilen, slog politiet dem.
Når bilen fjerner dem, der overgav sig, nærmer en brandbil med en kran sig mod krisecentret og begynder at ødelægge bygningen. Kun Isana og Tamakiti forblev i læ. Isana går ned til bunkeren. Når han sætter fødderne på jorden, lytter han til filmen med skrig af hvaler. Vand sporer fra jorden som en springvand: udsendt af en brandbil, det lækkede under fundamentet og tilstoppede på det sted, hvor hullet var i gulvet. Manhullsdækslet stiger, skud høres. Isana skyder tilbage. Vand stiger højere og højere. Når han vender sig mod træer og hvaler, sender Isana dem den sidste tilgivelse og dør.