I værket - to historier, som hver især udvikler sig uafhængigt. Den første handling finder sted i Moskva over flere maj dage (dage med forårets fuldmåne) i 30'erne. XX århundrede finder den anden handling også sted i maj, men i byen Yershalaim (Jerusalem) for næsten to tusind år siden - lige i begyndelsen af en ny æra. Romanen er bygget på en sådan måde, at kapitlerne i hovedfortællingen er sammenflettet med kapitlerne, der udgør den anden historielinje, og disse indsættelseskapitler er enten kapitler fra mesterens roman eller historien om et øjenvidne til begivenhederne i Woland.
På en af de hotteste majdage i Moskva optræder nogen Woland, der udgør sig som en specialist i sort magi, men faktisk er han Satan. Han ledsages af en mærkelig retinue: en smuk hekse-vampyr Gella, den frækhed af Koroviev, også kendt som fagot, den dystre og ildevarslende Azazello og den sjove, fedt fedt Behemoth, der for det meste vises foran læseren i dække af en sort kat af en utrolig størrelse.
De første, der mødte Woland på Patriarch Ponds, er redaktøren for det tykke kunstmagasin Mikhail Aleksandrovich Berlioz og digteren Ivan Bezdomny, der skrev et antireligiøst digt om Jesus Kristus. Woland griber ind i deres samtale og hævder, at Kristus virkelig eksisterede. Som bevis på, at der er noget uden menneskelig kontrol, spår Woland, at en russisk Komsomol-pige vil afskære hovedet på Berlioz. I øjnene på den chokede Ivan falder Berlioz straks under trikken, der kontrolleres af en Komsomol-pige, og hans hoved er afskåret. Ivan forsøger med succes at forfølge Woland, og derefter, efter at have optrådt i Massolit (Moskva litterære forening), så forvirret angiver rækkefølgen af begivenheder, at han føres til den forstads-psykiatriske klinik til professor Stravinsky, hvor han møder romanens hovedperson - mesteren.
Woland, der ankommer til lejlighed nummer 50 i hus 302 bis på Sadovaya Street, som afdøde Berlioz besatte med instruktøren for teatret Variete Stepan Likhodeev, og finder sidstnævnte i en tilstand af alvorlig tømmermænd, giver ham en kontrakt underskrevet af ham, Likhodeev, for Wolands forestilling i teatret, og kører ham derefter væk fra lejligheden, og Styopa ender uforklarligt i Yalta.
Nikanor Ivanovich Bosoy, formand for Housing Partnership på nr. 302 bis, ankommer til lejlighed nr. 50 og finder Koroviev, der beder om at leje denne lejlighed til Wolanda, siden Berlioz døde og Likhodeev var i Jalta. Efter meget overtalelse er Nikanor Ivanovich enig og modtager fra Koroviev ud over det gebyr, der er fastsat i kontrakten, 400 rubler, som han skjuler i ventilation. Samme dag kom de til Nikanor Ivanovich med en arrestordre for opbevaring af valutaen, da disse rubler blev til dollars. Den bedøvede Nikanor Ivanovich falder ind i den samme klinik som professor Stravinsky.
På dette tidspunkt forsøger finansdirektøren Variete Rimsky og administratoren Varenukha uden held at finde den forsvundne Likhodeev telefonisk og er forvirrede, idet de modtager telegrammer fra Yalta, der beder ham om at sende penge og bekræfte hans identitet, da han blev forladt i Yalta af hypnotisøren Woland. Efter at have besluttet, at dette er Likhodeevs dumme vittighed, sender Rimsky, efter at have indsamlet telegrammer, Varenukha for at tage dem ”hvor nødvendigt”, men Varenukha undlader at gøre dette: Azazello og katten Behemoth, griber ham i armene, leverer Varenukha til lejlighed nr. 50 og fra et kys den nøgne heks Gella Varenukha fratages følelser.
Om aftenen starter en forestilling med deltagelse af den store tryllekunstner Woland og hans retinue på scenen i Variete Theatre. En fagott med et pistolskud forårsager et monetært regn i teatret, og hele salen fanger de faldende stykker guld. Derefter åbner en ”damebutik” på scenen, hvor enhver kvinde blandt dem, der sidder i hallen, kan klæde sig fri fra top til tå. Der står en kø lige her, men ved afslutningen af forestillingen bliver chervoneterne til papirstykker, og alt, der er erhvervet i "damebutikken" forsvinder sporløst, hvilket tvinger godtroende kvinder til at skynde sig langs gaderne i det samme undertøj.
Efter forestillingen holder Rimsky sig tilbage på sit kontor, og for ham bliver Gellas kys forvandlet til en vampyr Varenukha. Ser, at han ikke kaster en skygge, er Roman dødelig bange og forsøger at løbe væk, men vampyren Gella hjælper Varenukha. Med en hånd dækket af cadaveriske pletter prøver hun at åbne vinduesbolten, og Varenukha vagter ved døren. I mellemtiden kommer morgenen, den første råb fra en hane høres, og vampyrerne forsvinder. Uden at miste et minut blev Rimsky øjeblikkeligt grå i en taxa, skyndte sig til stationen og tog af med ekspress tog til Leningrad.
I mellemtiden fortæller Ivan Bezdomny, når han mødtes med Mesteren, om, hvordan han mødtes med den mærkelige udlænding, der dræbte Misha Berlioz. Mesteren forklarer Ivan, at han mødtes på Patriarkerne med Satan og fortæller Ivan om sig selv. Hans elskede blev kaldt hans elskede Margarita. Som uddannet historiker arbejdede han på et af museerne, da han pludselig uventet vandt en enorm sum - hundrede tusinde rubler. Han forlod sit arbejde på museet, lejede to værelser i kælderen i et lille hus i en af Arbat-banerne og begyndte at skrive en roman om Pontius Pilate. Romantikken var næsten færdig, da han ved et uheld mødte Margarita på gaden, og kærligheden ramte dem begge øjeblikkeligt. Margarita var gift med en værdig mand, boede sammen med ham i en palæ på Arbat, men elskede ham ikke. Hver dag kom hun til mesteren. Affæren afsluttes, og de var glade. Endelig var romanen færdig, og mesteren tog den med til magasinet, men de nægtede at trykke den der. Imidlertid blev et uddrag fra romanen trykt, og snart dukkede flere ødelæggende artikler om romanen, underskrevet af kritikerne Ariman, Latunsky og Lavrovich, ud i aviserne. Og så følte mesteren, at han blev syg. En aften kastede han en roman ind i ovnen, men en løbsk, skræmt, greb Margarita den sidste stabel ark fra ilden. Hun forlod, tog manuskriptet med sig for at sige farvel til sin mand og vende tilbage til sin elsker for evigt om morgenen, men et kvarter efter at hun rejste bankede de på vinduet og fortalte Ivan sin historie, på dette sted sænker Mesteren hendes stemme til en hvisken - og nu et par måneder senere, på en vinteraften, da han kom til sit hjem, fandt han sine værelser besat og gik til en ny forstadsklinik, hvor han har boet i den fjerde måned uden navn og efternavn, bare en patient fra værelse 118.
Denne morgen vågner Margarita af følelsen af, at noget er ved at ske. Tørrer tårerne væk, hun går over arkene i det forkullede manuskript, ser på fotografiet af skibsføreren og går derefter en tur i Alexander Garden. Her sætter Azazello sig ned til hende og informerer hende om, at en bestemt ædel udlænding inviterer hende til at besøge. Margarita accepterer invitationen, fordi hun håber på at lære i det mindste noget om Mesteren. Om aftenen samme dag gnager Margarita, striberet nøgen, kroppen med den fløde, som Azazello gav hende, bliver usynlig og flyver ud af vinduet. Flyver forbi forfatterens hus arrangerer Margarita en rut i lejligheden til en kritiker af Latunsky, der efter hendes mening dræbte mesteren. Så møder Margarita Azazello og fører hende til lejlighed nr. 50, hvor hun møder Woland og resten af hans retinue. Woland beder Margarita om at være dronningen ved sin bold. Til gengæld lover han at opfylde sit ønske.
Ved midnat begynder den forårsmåne kugle - den store bold ved Satan, hvortil svindlere, bødler, mishandlere, mordere - kriminelle i alle tider og nationer; mænd er i halekåber, kvinder er nakne. I flere timer hilser den nøgne Margarita gæsterne og udsætter hånden og knæet for et kys. Endelig er bolden forbi, og Woland spørger Margarita, hvad hun vil have som en belønning for at være værtinde for bolden. Og Margarita beder straks om at returnere mesteren til hende. Så vises mesteren på hospitalet påklædning, og Margarita, efter at have konfereret med ham, beder Woland om at returnere dem til et lille hus på Arbat, hvor de var glade.
I mellemtiden begynder en Moskva-institution at interessere sig for mærkelige begivenheder, der finder sted i byen, og de samles alle sammen i en logisk klar helhed: den mystiske udlænding Ivan Bezdomny, den sorte magiske session i Variety, dollars for Nikanor Ivanovich og Rimsky og Likhodeevs forsvinden. Det bliver klart, at alt dette er den samme bands arbejde, ledet af en mystisk tryllekunstner, og alle spor af denne bande fører til lejlighed nummer 50.
Vi henvender os nu til romanens anden historie. I Herodes den store palads forhører Judean Procurator Pontius Pilate den arresterede Yeshua Ga-Nozri, der blev dømt af Sanhedrin for at fornærme Cæsars autoritet, og denne straf sendes til godkendelse til Pilate. Ved at forhøre de arresterede forstår Pilate, at før ham ikke er en røver, der har tilskyndet folk til ulydighed, men en vandrende filosof, der forkynder kongeriget sandhed og retfærdighed. Den romerske anklager kan dog ikke give slip på den mand, der er anklaget for en forbrydelse mod Caesar, og bekræfter dødsdommen. Derefter henvender han sig til ypperstepræsten for den jødiske Caif, der til ære for den kommende påskeferie kan frigive en af de fire kriminelle, der er dømt til døden; Pilatus beder om, at det skal være Ga-Nozri. Kaifa nægter imidlertid ham og frigiver røveren Var-Ravvan. Øverst på Lysaya Gora er der tre kors, hvor de dømte korsfæstes. Efter at mængden af tilskuere, der fulgte processionen til henrettelsesstedet, vendte tilbage til byen, på Bald Mountain er der kun en studerende af Yeshua Levi Matvey, en tidligere skatteopkrever. Bøddelen stikker de plagede fanger, og en pludselig nedbør falder på bjerget.
Prokuratoren ringer til Afraniya, lederen af hans hemmelige tjeneste, og instruerer ham til at dræbe Juda fra Kiriath, der modtog penge fra Sanhedrin for at have lade ham arrestere Yeshua Ga-Nozri i hans hus. Snart mødes en ung kvinde ved navn Niza ved et uheld Judah i byen og foretager en date ud af byen i Gethsemane-haven, hvor han angribes af ukendte mennesker, stak ham med en kniv og fjernede hans tegnebog med penge. Efter et stykke tid rapporterer Afranius til Pilatus, at Judas blev stukket til døden og en sæk med penge - tredive tetradrachmer - blev kastet i yppersteprestens hus.
Levi Matvey bringes til Pilate, der viser anklageren pergamentet med Ga-Nozri's prædikener. ”Den alvorligste vice er feighed,” læser anklageren.
Men tilbage til Moskva. Ved solnedgang på terrassen i en af Moskva-bygningerne siger de farvel til byen Woland og hans retinue. Pludselig dukker Levi Matvey op, som tilbyder Woland at tage mesteren til sig selv og belønne ham med fred. "Og hvorfor tager du ham ikke i dit lys?" - spørger Woland. ”Han fortjente ikke lyset, han fortjente fred,” svarer Levi Matvey. Efter nogen tid kommer Azazello hjem til Margarita og skibsføreren og bringer en flaske vin - en gave fra Woland. Efter at have drukket vin falder mesteren og Margarita uden følelser; i samme øjeblik begynder uroen i sorgens hus: patienten døde af rum nummer 118; og netop i det øjeblik i en palæ på Arbat bliver den unge kvinde pludselig bleg, klemmer sit hjerte og falder ned på gulvet.
Magiske sorte heste fører Woland, hans retinue, Margarita og Mesteren væk. "Din roman blev læst," fortæller Woland mesteren, "og jeg vil gerne vise dig din helt." Cirka to tusind år sidder han på dette sted og ser i en drøm en måneskinnet vej og vil gå langs den og tale med en vandrende filosof. Du kan nu afslutte romanen med en sætning. ” "Ledig!" Han venter på dig! " - skibsføreren råber, og over den sorte afgrund lyser en enorm by med en have, til hvilken månens vej strækker sig, og prokuratoren løber hurtigt langs denne vej.
"Farvel!" - skrig Woland; Margarita og skibsføreren går over broen over åen, og Margarita siger: "Her er dit evige hjem, om aftenen kommer de, som du elsker, til dig, og om natten vil jeg beskytte din søvn."
Og i Moskva, efter Woland forlod hende, fortsætter efterforskningen i den kriminelle bandsag i lang tid, men de foranstaltninger, der er truffet for at fange hende, giver ikke resultater. Erfarne psykiatere konkluderer, at medlemmer af banden var hidtil uset styrkehypnotisører. Flere år går, begivenhederne i disse majedage begynder at blive glemt, og kun professor Ivan Nikolaevich Ponyrev, den tidligere digter Hjemløs, vises hvert år, kun den forårsmæssige festlige fuldmåne, på patriarkens damme og sidder på den samme bænk, hvor han første gang mødte Woland, og derefter vender han tilbage efter Arbat hjem og ser den samme drøm, hvor både Margarita og skibsføreren og Yeshua Ga-Nozri og den grusomme femte anklager for Judea, rytteren Pontius Pilate, kommer til ham.