Den lyriske roman - forfatterens største værk - er skrevet i pistolform. Hovedpersonen - Hyperion - henviser til billedet af titanen, faren til solguden Helios, hvis mytologiske navn betyder højsædet. Det ser ud til, at handlingen i romanen, som er en slags ”åndelig odyssey” af helten, finder sted ud af tiden, selvom arenaen for begivenhederne er Grækenland i anden halvdel af det 18. århundrede, som er under det tyrkiske åg (dette antydes af henvisningerne til opstanden i havet og slaget ved Chesme i 1770).
Efter de retssager, der faldt til hans parti, afgår Hyperion fra deltagelse i kampen for Grækenlands uafhængighed, han har mistet håbet om den forestående befrielse af sit hjemland, han er opmærksom på hans magtesløshed i det moderne liv. Fra nu af valgte han vejen for afsondrethed for sig selv. Efter at have haft muligheden for at vende tilbage til Grækenland igen, bosætter Hyperion sig i Isthmus i Korinth, hvorfra han skriver breve til sin ven Bellarmin, der bor i Tyskland.
Det ser ud til, at Hyperion opnåede den ønskede, men kontemplative hermitage bringer heller ikke tilfredshed, naturen åbner ikke længere sine arme for ham, han, altid ivrig efter at slå sig sammen med hende, pludselig føler sig en fremmed, forstår ikke hende. Det ser ud til, at han ikke er bestemt til at finde harmoni hverken i sig selv eller udenfor.
Som svar på Bellarmins anmodninger skriver Hyperion til ham om sin barndom, der blev brugt på øen Tinos, den tids drømme og håb. Han afslører en rig begavet teenagers indre verden, usædvanligt følsom over for skønhed og poesi.
En enorm indflydelse på dannelsen af den unge mands synspunkter udøves af hans lærer Adamas. Hyperion lever i dage med bittert tilbagegang og nationalt slaveri i sit land. Adamas indrømmer eleven en følelse af beundring for den gamle æra, besøger de majestætiske ruiner af tidligere herlighed, taler om store forfædres tapperhed og visdom. Hyperion oplever en vanskelig sammenbrud med sin elskede mentor.
Fyldt med åndelig styrke og høje impulser, forlader Hyperion til Smyrna for at studere militære anliggender og navigation. Han er opløftet, længes efter skønhed og retfærdighed, han støder konstant på dobbelt ansigt og bliver desperat. En reel succes er et møde med Alabanda, hvor han finder en nær ven. Unge mænd glæder sig over ungdommen, håber på fremtiden, de er forenet af den høje idé om at befri deres hjemland, fordi de bor i et skændet land og ikke kan forene sig med dette. Deres synspunkter og interesser er stort set tæt på, de har ikke til hensigt at være som slaver, der sædvanligt hengiver sig med en sød klap, de er overvældede af en tørst til at handle. Det er her, at uoverensstemmelsen afsløres. Alabanda - en mand med praktisk handling og heroiske impulser - forfølger konstant tanken om behovet for at "sprænge rådne stubber." Hyperion insisterer imidlertid på, at det er nødvendigt at uddanne mennesker under tegnet "skønhedsteokrati". Alabanda kalder sådanne tankegang tomme fantasier, venner krænker og en del.
Hyperion oplever endnu en krise, han vender hjem, men verden rundt er bleget, han rejser til Calavria, hvor kommunikation med skønhederne i Middelhavets natur endnu en gang vekker ham til liv.
Notars ven bringer ham til det samme hus, hvor han møder sin kærlighed. Diomita forekommer ham guddommelig-smuk, han ser i hende en usædvanlig harmonisk karakter. Kærlighed forener deres sjæle. Pigen er overbevist om det høje kald hos sin valgte - at være ”folkeopdrageren” og lede patrioternes kamp. Alligevel er Diomita imod vold, selv for at skabe en fri stat. Og Hyperion nyder den glæde, der er kommet til ham, fik ro i sindet, men han forudser den tragiske frigørelse af idyllen.
Han modtager et brev fra Alabanda med en besked om den kommende tale fra de græske patrioter. Efter at have taget farvel til sin elsker, skynder sig Hyperion at slutte sig til rækken af krigere til frigørelse af Grækenland. Han er fuld af håb om sejr, men er besejret. Årsagen er ikke kun impotens foran tyrkernes militære magt, men også i uenighed med andre, sammenstødet mellem ideal og hverdagsliv virkelighed: Hyperion føler umuligheden ved at plante paradis ved hjælp af et bånd af røverne - soldater fra befrielseshæren udfører røverier og massakrer, og intet kan begrænses.
Efter at have besluttet, at han ikke har noget mere til fælles med sine landsmænd, går Hyperion ind i tjenesten i den russiske flåde. Fra nu af venter eksilens skæbne ham, selv hans egen far forbandede ham. Frustreret, moralsk ramt søger han død i slaget ved Chesmehavet, men forbliver i live.
Efter fratræden har han til hensigt at omsider roligt heles med Diomita et eller andet sted i Alperne eller Pyrenæerne, men modtager nyheder om hendes død og forbliver utålelig.
Efter mange vandringer ender Hyperion i Tyskland, hvor han bor i ret lang tid. Men den reaktion og baglæn, der hersker der, forekommer ham kvalt, i et brev til en ven han taler forsigtigt om forfalskningen af en døende offentlig orden, tyskernes mangel på borgerlige følelser, smag i ønsker, forsoning med virkeligheden.
En gang forudsagde læreren Adamas overfor Hyperion, at sådanne natur som ham er dømt til ensomhed, vandrende, til evig utilfredshed med sig selv.
Og Grækenland er besejret. Diomita er død. Hyperion bor i en hytte på øen Salamis, sorterer igennem minder fra fortiden, sørger over tab, umulighederne af idealer, forsøger at overvinde indre uenighed, oplever en bitter følelse af melankoli. Det ser ud til, at han tilbagebetalte den jordlige sorte utaknemmelighed på moder jord og forsømte sit liv og alle de kærlighedsgaver, hun spildte. Hans skæbne er kontemplation og filosofisering, som før han forbliver tro mod den panteistiske idé om forholdet mellem menneske og natur.