På Borisovs bryllupsdag til tronen beregner gutterne frugterne af hans regeringsperiode: den undertrykte pestilens, de afsluttede krige og afgrøderne. De er forbløffet over hvor længe Godunov måtte overtale ham til at tage magten, og kun truslen om ekskommunikation tvang ham til at gøre det. Boris vender tilbage fra katedralen med det formål at modtage ambassadører. Voeikov annoncerer sejr over Siberian Khan. Den engelske ambassadør tilbyder bruden til Tsarevich Fedor; pavelig nuncio - en aftale om forening af kirker; Østrigske, litauiske, svenske, florentinske ambassadører beder respektfuldt nogen om hjælp med penge eller tropper, der til anerkendelse af deres ejendele. De persiske og tyrkiske ambassadører beskylder hinanden for at gribe ind i Iberia, den iberiske kongen ambassadør beder om beskyttelse. Tsaren giver et passende svar til alle, fuld af værdighed og styrke, og pålægger alle at få lov til at komme ind i de kongelige kamre ("Der er ingen hindring mellem det russiske folk og tsaren!"). Bortset triumferer Boris og husker prinsens død og beslutter: derefter den uundgåelige pris for statens storhed. Lige efter, mens han ventede i klostercellen på, at Irina skulle få sit hår klippet, lytter Boris til rapporterne om Semyon Godunov til Romanovs, som ikke er tilfredse med annulleringen af St. George's Day; mod Vasily Shuisky, en listig og upålidelig tjener, men selvsikker i sin styrke, ønsker han ikke at straffe nogen. Irina dukker op, og Boris, der minder sin hende om hans vakillinger på vej til magten, beder om at retfærdiggøre ham og indrømme, at Ruslands velfærd er værd at den usande, hvormed han blev konge. Irina godkender sit rige og kræver, at han ikke glemmer sin skyld og ikke tilgir sig selv. Efterladt med deres egne, de skiller sig.
I paladset lytter Boris, Fedor og Xenias børn til historierne om Christian, den danske hertug, brudgommen fra Xenia, om en hård barndom, om at vende tilbage til retten, om kampe i Flandern med de spanske tropper, men når Fedor klager over hans lediggang, bemærker kristne hans holdning, der giver ham mulighed for at studere hersker under en klog suveræn, er meget mere værdig. Christian fortæller, hvordan han elskede Ksenia ifølge historierne fra ambassadører, købmænd og fanger, der sammen med Russlands storhed prægtede prinsessens skønhed, intelligens og saktmodighed. De begynder at tale om Boris, og alle er enige i kærlighed til tsaren, der glemmer sig selv for statens herlighed og velvære. Alle tre sværger for at hjælpe hinanden. Christian beder Boris, der i tilfælde af krig indgik i at lade russiske tropper føre, men tsaren frarådes af den fred, der er kommet i mange år. Børnene forlader, og Semyon Godunov, der er kommet, annoncerer et rygtet om den vidunderligt frelste prins Dimitri. I hendes kamre spør Tsarina Maria Grigoryevna kontorist Vlasyev om Christian, og uanset hvordan Juliet Vlasyev, det konstateres, at der var en fornemmelse af, at kongen ikke var hans far og den ældre bror, der nu regjerer, ikke kan lide ham. I mangel af at give et løfte fra kontorist om at vidne for Boris, kalder hun Dementyevna og lærer med voksende irritation, at Ksenia sad sammen med sin bror og brudgom, og tsaren hilser nye skikke velkommen. Tsarinaen, der kom til Volokhov, klager over, at Boris greb Ksenia for tyskerne uden at spørge hende, og tyskerne tilsyneladende tændte prinsessen. Volokhov påtager sig at guddommelig hvad der er styrken af den kristne og knuse det ("Der er sådan en rod"). I skoven i røverlejren accepterer Ataman Khlopko ny påfyldning af bønderne, forbande Boris og afskaffelse af St. George's Day. En Posadsky vises, der uden nogen frygt kræver at befri sine ledsagere, der er fanget på Moskva-vejen af en røverinstruktør, og rapporterer den sande nyhed om Tsarevich Dimitris udseende. Posadsky slår Khlop op for at gå til Bryansk, og der, efter at have forkælet Tsarevichs tropper, modtaget tilgivelse og bekæmpet Godunov. Mitka vises og trækker to løbsk munke, Mikhail Povadin og Grishka Otrepyev, der beder om at melde sig ind i bomuldshæren. Når Posadsky, efter at have moret røverne ved at kæmpe med Mitka og beordret at rulle tønder vin, pludselig forsvinder, viser det sig, at munkene, der gik med ham, ikke ved, hvem han er.
Boris er tvunget til at indrømme, at opkomsten af en ny fjende skubbede ham på en blodig vej. Semyon Godunov, tiltalt for at finde ud af, hvem der gemmer sig bag navnet Demetrius, siger, at han ikke vidste noget til bekostning af tortur. De opsøger navnet Grishka Otrepyev, en flygtig mirakel-munk, for på en eller anden måde at omdøbe fjenden. Boris beordrer at multiplicere spionerne og finde beviser på Romanovs og desuden på grund af den vedvarende sult uddele statskassen til folket og beordrer ham ikke at lytte til fablerne om prinsen. Tsarevich Fedor beder om at sende ham til tropperne, Tsarevna Ksenia sørger over ændringen i Boris og hans grusomhed; En kristen spørger, om Boris er sikker på Tsarevichs død, og genfortæller rygter. Børnene forlader, vises dronningen, fuld af forsigtighed og irritation hos den kristne og fortolker med børnene om "kongen". Kongen forbliver døv for hendes krav om at sende den kristne væk. Semyon Godunov rapporterer om forrædernes hurtige fremskridt, om overførelsen af tropper til dem og om Basmanovs stædige modstand. Vasily Shuisky tilbyder Boris at gå til tropperne selv eller sende en dronning dronning for at vidne om hans sønns død. Efter at have beordret Shuisky at rive sprog til dem, der sprede rygter, sender Boris Dimitry til sin mor. I Fedor Nikitich Romanovs hus drikker drengene Romanovs, Sitsky, Repnin og Cherkassky til prinsen. Shuisky ankommer, rapporterer om Boris ordre, bliver stillet spørgsmålstegn ved hans søgning i Uglich, svarer han vagt. Semyon Godunov med bueskyttere, efter at have beskyldt publikum for at forgifte suverænen med gift, tager alle i varetægt og passer til Vasily Shuisky for at gennemføre en forhør. Boris reflekterede alene over den udførte forudsigelse (”Han blev dræbt, men levende”) fortalte Shuisky at komme og erklære fra stedet for panden, at han selv havde set liget af prinsen i Uglich. I mellemtiden skubber rådgivere på Christian og forklarer, at han skulle nægte at gifte sig med Ksenia, at Boris har forrådt sig selv med frygt, at Ksenia er datter af en skurk og en tjener. Christian, der føler den nærmer sig lethed og tror på Boris's skyld, ved ikke, hvad han skal tage stilling til. Ksenia kommer, og han, forvirret i ord og tanker, taler om den uundgåelige adskillelse og derefter kalder hende til at løbe væk fra ham fra morderen far. Fjodor, der roligt er gået ind, stiller op for sin far, de skal kæmpe, Ksenia græder, minder om den ed, der er givet hinanden. Christian raves, og i betragtning af ham som syg fører Ksenia og Fedor ham væk.
På Røde Plads lytter detektiver til samtaler blandt folk, der gik fra requiem til Tsarevich Dimitri (anathemaet fra Grishka blev erklæret der). Med detektorer, der fortolker tale på en måde, der passer til dem, griber detektiver næsten alle i træk. Vasily Shuisky fra henrettelsesstedet holder en tvetydig tale om den fremrykkende fjende og taler om søgningen i Uglich, så det forbliver uklart, hvem det myrdede spædbarn var. Omkring denne tid besluttede prinsens mor hentet fra klosteret, nu nonne Martha, der venter på Boris og ønsker hævn, at anerkende indrideren som en søn; hun siger, at hun ikke så sin døde søn, efter at have mistet følelser, og ved mindesmærket blev tårerne dækket af øjnene. Efter at have hørt om Tsarevichs tegn, der dukkede op, indrømmer han, at han på mirakuløst vis blev frelst og levende. Tsaritsa Maria Grigoryevna, der ønsker at dømme bedrag, introducerer Volokhov. Sorgen, der greb Martha ved synet af morderen på hendes søn, forråder hende, men hun nægter at indrømme Demetrius 'død offentligt. Snart rapporterer lægen til Boris om forværringen af Christians helbred og om hans magtesløshed. Semyon Godunov bringer et brev fra Dimitry Ioannovich, hvor Boris er mest deprimeret af den lovede nåde i tilfælde af en frivillig abdikering af tronen og derfor tyvenes tillid til universel støtte. Boris kræver at medbringe en korthåret Kleshnin for at være sikker på prinsens død. Hans navn er Christian, og han informerer snart Xenia og Fedor om sin død.
To vagter, der bærer en nattevagt i tronekammeret, skjuler sig i frygt, når den søvnløse Boris vises. Nogen forestiller sig nogens image på tronen, og når han finder vagterne sender han dem for at kontrollere, hvem der sidder der. Semyon Godunov bringer Kleshnin, der bekræfter Demetrius 'død, minder om, at udtrykket af Borisovs regeringsperiode, der er forudsagt af magien, er ved at ende, inviterer ham til at omvende sig og forlade klostret. Om morgenen, efter at have modtaget fra Basmanov, der ankom information om en delvis sejr over ”tyven”, fortæller Boris Fedor om behovet for at gifte sig med tronen og om den ed, som drengene skal bringes til. Fedor opgiver tronen, for han er ikke sikker på, at ”tyven” ikke er Demetrius. Boris tilbyder meningsmæssigt at forelægge Fedor det ubestridelige bevis for Tsarevichs død, og han, efter at have forstået sin fars forbrydelse, i rædsel nægter bevis og erklærer, at han vil acceptere kronen. I spisesalen, der venter på Basmanov og tsaren, forbandrer drengene begge og udveksler nyheder om "prinsen". Basmanov går ind, klager over sin upassende ekskommunikation. Boris vises med børnene. Boris belønner Basmanov. Drengene, der bemærker Xenias tristhed, er medlidenhed med hende og undrer sig over, hvad de skal gøre med hende, "når han kommer til kongeriget." Boris kræver en ed om troskab over for Fedor, og godkendelsen af denne ed i katedralen, mister styrke og falder. Med generel forvirring erklærer han, at årsagen til hans død ikke er gift, men sorg, bipasser til drengene for at holde en ed, minder om, at "kun ondskab vil blive født af det onde", og erklærer Fedor konge, afviger
