Tarragon sidder på en knol og forsøger uden hell at stjæle en sko fra hans fødder. Vladimir går ind og siger, at han er glad for at se Tarragon vende tilbage: Han troede allerede, at han var forsvundet for evigt. Tarragon mente selv det. Han tilbragte natten i en grøft, han blev slået - han bemærkede ikke engang hvem. Vladimir hævder, at det er vanskeligt at udholde alt dette alene. Man måtte tænke tidligere, hvis de for længe siden, tilbage i halvfemserne, skyndte sig nedad fra Eiffeltårnet, ville de have været blandt de første, og nu ville de ikke engang have tilladelse ovenpå. Vladimir tager hatten af, ryster den, men intet falder ud af den. Vladimir bemærker, at dette tilsyneladende ikke er en sko: det er bare det, at Tarragon har en sådan fod. Vladimir udtrykker eftertænksomt, at en af røverne blev frelst, og inviterer Tarragon til at omvende sig. Han husker Bibelen og er overrasket over, at kun de fire taler om røverens frelse af de fire evangelister, og af en eller anden grund tror alle på ham. Tarragon tilbyder at forlade, men Vladimir mener, at det er umuligt at forlade, fordi de venter på Godot, og hvis han ikke kommer i dag, bliver han nødt til at vente på ham her i morgen, lovede Godot at komme på lørdag. Tarragon og Vladimir husker ikke længere, om de ventede på Godot i går, ikke husker lørdag i dag eller en anden dag. Tarragon slukker, men Vladimir bliver straks ensom, og han vekker sin kammerat. Tarragon tilbyder at hænge sig selv, men de kan ikke beslutte, hvem der skal hænge sig først, og til sidst beslutter de ikke at gøre noget, fordi det er mere sikkert. De vil vente på Godot og finde ud af hans mening. De kan ikke på nogen måde huske, hvad de bad Godot om, det ser ud til, at de vendte ham til en slags vag bøn. Godot svarede, at han skulle tænke, konsultere med sin familie, komme i kontakt med nogen, rummage gennem litteratur, tjekke bankkonti og først derefter tage en beslutning.
Et gennembrudende skrig høres. Vladimir og Tarragon klamrer sig fast ved hinanden, fryser af frygt. Lucky går ind med en kuffert, en klapstol, en kurv med mad og en frakke; omkring hans hals er et reb, hvis ende holdes af Pozzo. Pozzo klikker på en pisk og forfølger Lucky og skælder ham for hvad lyset står på. Tarragon spørger skummelt Pozzo, om han er Godot, men Pozzo ved ikke engang, hvem Godot er. Pozzo rejser alene og er glad for at møde sin egen art, det vil sige dem, der er skabt efter Guds billede og lighed. Han kan ikke leve uden samfund længe. Beslutter at sætte sig ned, fortæller han Lucky at sætte en stol op. Lucky sætter en kuffert og en kurv på jorden, går til Pozzo, sætter en stol ned, rejser derefter og henter en kuffert og en kurv igen. Pozzo er utilfreds: stolen skal placeres nærmere. Lucky lægger kufferten og kurven ned igen, nærmer sig, omfordeler stolen, henter derefter kufferten og kurven igen. Vladimir og Tarragon er forvirrede: hvorfor lægger ikke Lucky tingene på jorden, hvorfor holder han dem i hænderne hele tiden? Pozzo tages til mad. Efter at have spist en kylling kaster han sine knogler til jorden og tænder et rør. Tarragon spørger skylyst, om han har brug for knogler. Pozzo svarer, at de tilhører portieren, men hvis Lucky nægter dem, kan Tarragon tage dem. Mens Lucky er tavs, tager Tarragon knoglerne og begynder at gnage dem. Vladimir er irriteret over Pozzos grusomhed: er det muligt at behandle en sådan person? Pozzo, der ikke er opmærksom på deres fordømmelse, beslutter at ryge et andet rør. Vladimir og Tarragon vil rejse, men Pozzo inviterer dem til at blive, for ellers mødes de ikke med Godot, som de venter på.
Tarragon forsøger at finde ud af fra Pozzo, hvorfor Lucky ikke pakker poserne. Efter at han gentager sit spørgsmål flere gange, svarer Pozzo endelig, at Lucky har ret til at lægge tunge ting på jorden, og da han ikke gør dette, så vil han ikke. Han håber sandsynligvis at blødgøre Pozzo, så Pozzo ikke driver ham væk. Følelse af Lucky som en gedemælk, han kan ikke klare arbejdet, så Pozzo besluttede at slippe af med ham, men ud af venlighed i hjertet, i stedet for bare at smide Lucky ud, fører han ham til messen i håb om at få en god pris for ham. Pozzo mener, at det ville være bedst at dræbe Lucky. Lucky græder. Tarragon er synd på ham og vil tørre sine tårer, men Lucky sparker ham med al sin styrke. Tarragon græder af smerter. Pozzo bemærker, at Lucky ophørte med at græde, og Tarragon begyndte, så antallet af tårer i verden altid forbliver det samme. Så med en latter siger Pozzo, at Lucky lærte ham alle disse vidunderlige ting, fordi de har været sammen i tres år. Han beder Lucky om at tage hatten af. Lucky har langt gråt hår under hatten. Når Pozzo selv tager hatten af, viser det sig, at han er helt skaldet. Pozzo græd og sagde, at han ikke kunne gå sammen med Lucky, ikke kunne bære ham mere. Vladimir irettesætter Lucky for at have tortureret en sådan god mester. Pozzo beroliger sig og beder Vladimir og Tarragon om at glemme alt, hvad han fortalte dem. Pozzo giver et løb om skønheden i skumringen. Tarragon og Vladimir keder sig. For at underholde dem er Pozzo klar til at beordre Lucky til at synge, danse, recitere eller tænke. Tarragon vil have Lucky til at danse og derefter tænke. Heldige danser, tænker så højt. Han udtaler en lang videnskabelig, abstrakt monolog, uden nogen betydning. Endelig forlader Pozzo og Lucky. Tarragon vil også forlade, men Vladimir stopper ham: de venter på Godot. En dreng kommer og siger, at Godot bad mig om at formidle, at han i dag ikke kommer, men han kommer bestemt i morgen. Natten kommer. Tarragon beslutter ikke at bære sine sko mere, lad nogen, som de passer, være bedre at tage dem. Og han vil gå barfodet, ligesom Kristus. Tarragon prøver at huske, hvor mange år de har kendt Vladimir. Vladimir mener, at han er omkring halvtreds. Tarragon husker, hvordan han engang skyndte sig til Rhône, og Vladimir fangede ham, men Vladimir ønsker ikke at rydde op i fortiden. De tænker, om de skal skille sig med dem, men beslutter, hvad det ikke er værd. ”Nå, lad os gå?” - siger Tarragon. ”Lad os gå,” svarer Vladimir. Begge bevæger sig ikke.
Den næste dag. Den samme time. Det samme sted, men på træet, før aften af helt bart, dukkede flere blade op. Vladimir går ind, undersøger Tarragons sko, der står midt på scenen og stirrer derefter intenst ud i afstanden. Når barfodet Tarragon vises, jubler Vladimir ved hans tilbagevenden og vil kramme ham. Først tillader han ikke ham at komme til ham, men snart blødgør han, og de skynder sig ind i hinandens arme. Tarragon blev slået igen. Vladimir skammer ham. De har det bedre alene, men stadig kommer de hit hver dag og overbeviser sig selv om, at de er glade for at se hinanden. Tarragon spørger, hvad de skal gøre, da de er så glade. Vladimir foreslår at vente på Godot. Meget er ændret siden i går: blade dukkede op på træet. Men Tarragon kan ikke huske, hvad der skete i går, han kan ikke engang huske Pozzo og Lucky. Vladimir og Tarragon beslutter at tale roligt, da de ikke ved, hvordan de skal være tavse. Chatter er den bedst egnede beskæftigelse for ikke at tænke eller lytte. De ser ud til at have en form for kedelige stemmer, og de diskuterer dem i lang tid, beslutter derefter at starte igen, men at starte er det sværeste, og selvom du kan starte hvor som helst, er du stadig nødt til at vælge hvor. Fortvivl tidligt. Problemet er, at tankerne stadig hersker. Tarragon er sikker på, at han og Vladimir ikke var her i går. De var i et andet hul og snakede hele natten om dette og fortsætter med at chatte i et år. Tarragon siger, at skoene på scenen ikke er hans, de har en helt anden farve. Vladimir foreslår, at en person, der stikker skoene, tog Tarragons sko og forlod sine egne. Tarragon kan på ingen måde forstå, hvorfor nogen har brug for hans sko, fordi de også svirrer. ”Til dig, ikke til ham,” forklarer Vladimir. Tarragon forsøger at finde ud af Vladimirs ord, men til ingen nytte. Han er træt og vil forlade, men Vladimir siger, at du ikke kan forlade, du skal vente på Godot.
Vladimir lægger mærke til Lucky's hat, og han og Tarragon tager alle tre hatte på tur og sendte dem til hinanden: deres egen og Luckys hat. De beslutter at spille Pozzo og Lucky, men pludselig bemærker Tarragon, at der kommer nogen. Vladimir håber, at dette er Godot, men det viser sig, at der på den anden side også kommer nogen. I frygt for, at de er omgivet, beslutter venner sig for at skjule, men ingen kommer: sandsynligvis tænkte Tarragon bare. Da de ikke vidste, hvad de skal gøre, hverken krangel eller forsoner Vladimir og Tarragon. Pozzo og Lucky kommer ind. Pozzo blev blind. Lucky bærer de samme ting, men nu er rebet kortere for at gøre Pozzo lettere at følge Lucky. Lucky falder og tager Pozzo med sig. Lucky falder i søvn, og Pozzo forsøger at rejse sig, men kan ikke. Når de er klar over, at Pozzo er i deres magt, overvejer Vladimir og Tarragon betingelserne for at hjælpe ham. Pozzo lover hundrede og derefter to hundrede franc for hans hjælp. Vladimir forsøger at løfte ham, men han falder. Tarragon er klar til at hjælpe Vladimir med at rejse sig, hvis de efter det forlader her og ikke vender tilbage. Tarragon forsøger at hæve Vladimir, men kan ikke forblive på hans fødder og falder også. Pozzo gennemsøger til siden. Tarragon husker ikke længere sit navn og beslutter at kalde ham under forskellige navne, indtil nogle kommer op. "Abel!" Han råber, Pozzo. Som svar opfordrer Pozzo til hjælp. "Kain!" Råber Tarragon Lucky. Men Pozzo reagerer igen og opfordrer til hjælp igen. ”I det ene, hele menneskeheden,” undrer Tarragon sig. Tarragon og Vladimir rejser sig. Tarragon vil rejse, men Vladimir minder ham om, at de venter på Godot. Tænker de hjælpe Pozzo med at rejse sig. Han står ikke, og de er nødt til at støtte ham. Ser man på solnedgangen, krangler de i lang tid, aften nu eller morgen, solnedgang eller solopgang. Pozzo beder om at vække Lucky. Tarragon bruser Lucky med et hagl af slag, han rejser sig og samler bagagen. Pozzo og Lucky er ved at gå. Vladimir er interesseret i hvad Lucky har i kufferten, og hvor de skal hen. Pozzo svarer, at der er sand i kufferten, og de går videre. Vladimir beder Lucky om at synge, før han forlader, men Pozzo hævder, at Lucky er stum. "Hvor længe?" - Vladimir er overrasket. Pozzo mister tålmodigheden. Hvorfor plages han af spørgsmål om tid? For længe siden, for nylig ... Alt sker en dag, svarende til alle andre. En dag blev vi født og dør samme dag, det samme sekund. Pozzo og Lucky forlader. Et brøl høres bag scenen: det er tydeligt, at de faldt igen. Tarragon slukker, men Vladimir bliver ensom, og han vågner Tarragon. Vladimir kan ikke forstå, hvor drømmen er, hvor virkeligheden er: måske sover han faktisk? Og når han i morgen vågner op, eller det ser ud til, at han vågnede op, at han vil vide noget om i dag, bortset fra at han og Tarragon ventede på Godot indtil selve natten? En dreng kommer. Det ser ud til, at Vladimir er den samme dreng, der kom i går, men drengen siger, at han kom for første gang. Godot bad mig om at formidle, at i dag ikke vil komme, men i morgen vil bestemt komme.
Tarragon og Vladimir ønsker at hænge sig selv, men de har ikke et stærkt reb. I morgen bringer de et reb, og hvis Godot ikke kommer igen, hænger de sig selv. De beslutter at forlade natten for at vende tilbage om morgenen og vente igen på Godot. ”Lad os gå,” siger Vladimir. ”Ja, lad os gå,” er Tarragon enig. Begge springer ikke.