Handlingen finder sted i England i slutningen af 1586 - begyndelsen af 1587. Hendes stedsøster Mary Stuart, der stræber efter den engelske trone, blev fængslet i Fotringay-slottet efter ordre fra den engelske dronning Elizabeth. Hendes sygeplejerske Anna Kennedy er sammen med hende. På trods af tilbageholdelsesanstrengelserne og mange vanskeligheder fortsætter Mary med at holde fast. Hun har gentagne gange formået at bestikke sikkerhed og organisere sammensværgelser mod Elizabeth.
Hendes sidste værge, Flying, er ekstremt streng over for hende. Men for nylig optrådte hans nevø Mortimer i Fotringey, hvor han vendte tilbage fra vandringer i Frankrig og Italien, hvor han konverterede til katolisisme. Der blev han tilhænger af Mary og ankom nu til England for at befri hende. På hans side er tolv pålidelige krigere, der er enige om at hjælpe. Mortimer rapporterer, at Mary er blevet retsforfulgt i London og dømt til døden. Dronningen advarer den unge mand om, at i tilfælde af en flugtfejl, venter døden på ham. Mortimer er fast ved at ville frigive Lady Stuart. Udlevering til ham skriver Maria et brev til jarl fra Leicester i London og håber, at han vil hjælpe Mortimer og hende.
I slottet Westminster ved dronningens domstol diskuterer de Elizabeths kommende ægteskab med hertugen af Anjou. Dronningen selv accepterede modvilligt dette ægteskab. Hun er tvunget til at tænke over ønsket fra sine undersåtter om at have en legitim arving til tronen. Men nu er Elizabeths tanker optaget af en anden - hun er nødt til at godkende domstolens afgørelse over sin halvsøster Maria. De fleste adelsmænd fra dronningen af Englands miljø, ledet af Lord Burley, støttede dommen. Kun den gamle jarl fra Shrewsbury stiller op for Lady Stuart, støttende sky og støtter ham og jarl fra Leicester.
Flyvning med sin nevø vises i paladset. Flyvningen giver Elizabeth et brev fra fangen, der anmoder om et personligt møde. Når dronningen læser brevet, vises tårer i hendes øjne, de omkring hende er klar til at forstå dem som et tegn på barmhjertighed for sin søster. Faktisk beder den engelske dronning Mortimer om i hemmelighed at dræbe sin rival, men så ingen ville gætte, at slagten blev behandlet af en kongelig hånd. Nephew of Flight er enig, da han er klar over, at han kun ved narring kan afværge problemer fra Lady Stuart.
Efterladt alene med jarlen fra Leicester giver Mortimer ham et brev til Mary. Det viser sig, at tællingen har været favorit hos dronning Elizabeth i ti år, nu ødelægger hendes ægteskab med den unge, smukke franske hertug hans håb ikke kun i hendes hånd, men også i hendes hjerte. Lady Stuarts brev inspirerer ham endnu en gang med håb om den kongelige trone. Hvis han hjælper hende med at befri sig, lover hun hånden til ham. Men Leister er listig og meget forsigtig, han beder Mortimer om aldrig at nævne sit navn i samtaler selv med sine ligesindede.
Tællingen foreslår at arrangere et møde mellem Elizabeth og Mary, så han er sikker på, henrettelsen vil blive annulleret, og vi kan tale om senere. En sådan skønsmæssighed passer ikke til den unge mand, han beder Leicester om at lokke dronningen af England til et af slottene og holde ham indesluttet der, indtil hun beordrer at frigive Mary. Tællingen er ikke i stand til dette.
Leicester udfører sin plan. På et møde med Elizabeth formår han at overtale hende, mens han jages, til at vende sig til Marias slotfængsel og møde hende uventet under hendes tur i parken. Dronningen accepterer det "ekstravagante" forslag fra sin elsker.
Unsuspecting Maria glæder sig over tilladelse til at tage en tur i parken, men Polet informerer hende om, at hun her vil mødes med Elizabeth. I de første minutter af mødet skynder en smuk fange sig ved fødderne af sin kronede søster med en anmodning om at afskaffe henrettelsen og løslade hende, men Elizabeth forsøger at ydmyge Lady Stuart og minde hende om sit mislykkede personlige liv. Ikke i stand til at overvinde hendes skøre stolthed og at have mistet kontrol over sig selv, minder Maria om sin søster om, at hun er et uægte barn og ikke sin retmæssige arvtager. Den vrede Elizabeth forlader hurtigt.
Maria forstår, at hun ødelagde håbet om frelse med sine egne hænder, men Mortimer, der kom, rapporterer, at han og hans folk denne nat vil fange Fotringay med magt og frigøre hende. For hans mod forventer den unge mand at få en belønning - kærligheden til Mary, men hun nægter ham.
Parken omkring slottet er fyldt med bevæbnede mennesker. Mortimers ven bringer nyheden om, at en af deres tilhængere, Toulon-munken, forsøgte mordet på Elizabeth, men hans dolk gennemborede kun mantelen. Komplottet afsløres, soldaterne fra dronningen af England er allerede her, og de skal presserende løbe væk, men Mortimer er blindet af sin lidenskab for Mary, han er enten tilbage med at befri hende eller dø sammen med hende.
Efter det mislykkede forsøg på Elizabeths liv, da morderen viste sig at være en fransk statsborger, blev den franske ambassadør hurtigt presset ud af England, mens ægteskabsaftalen blev brudt. Burley beskylder Leister for ondsindet forsæt, fordi det var han, der lokkede Elizabeth til et møde med Lady Stuart. Mortimer kommer til gården, han informerer Leicester om, at der under en søgning efter Mary blev fundet udkast til kopier af hendes brev til graven. Den listige herre beordrer Mortimer til at blive arresteret og er klar over, at hvis han rapporterer, at han har afsløret en sammensværgelse mod Elizabeth, vil han blive krediteret dette, når han besvarer Marias brev til ham. Men den unge mand bliver ikke givet i officernes hænder og til sidst stikker han sig selv.
På et publikum med Elizabeth Burley viser et brev til Mary Stuart til jarlen fra Leicester. Den ydmygede dronning er klar til at bekræfte dødsdommen for den depraverede kvinde, men Leister brister ud i hendes kamre med magt. Han rapporterer, at munken, der blev fanget efter mordforsøget, kun er et led i sammensværgelseskæden, hvis formål var at befri Lady Stuart og hæve hende til tronen. Faktisk korresponderede han med fangen, men det var fra hans side kun et spil for at følge med på, hvad der skete og beskytte hans monark i tide. Han havde lige taget beslag af initiativtageren til sammensværgelsen - Sir Mortimer, men han formåede at stikke sig selv. Den storslåede Elizabeth er klar til at tro hendes elsker, hvis han selv vil henrette Mary's dødsdom.
Det forargede folk under vinduerne i det kongelige palads kræver dødsstraf for Lady Stuart. Efter reflektion underskriver Elizabeth ikke desto mindre retsafgørelsen om henrettelse og overleverer den til hendes sekretær. Avisen siger, at den skotske dronning skal henrettes allerede ved daggry. Sekretæren tøver med at give dette dokument til øjeblikkelig fuldbyrdelse af dommen, men Lord Burley, der er i dronningens reception, river papiret ud af hænderne.
Der bygges et stillads i gården på Fotringay Slot, og i selve slottet siger Maria farvel til folk tæt på hende. Lady Stuart er rolig, kun privat med sin butler Melville indrømmer hun, at hendes inderste ønske ville være at kommunikere med den katolske bekender. Den gamle mand afslører for hende, at han har taget værdigheden og nu er klar til at tilgive hende alle sine synder. Den sidste anmodning fra Mary er, at alt efter hendes død blev nøjagtigt opfyldt i henhold til hendes vilje. Hun beder sit hjerte om at blive sendt til Frankrig og begravet der. Grev Leicester vises, han kom til at opfylde Elizabeths ordre - at ledsage Mary til henrettelsesstedet.
På dette tidspunkt i det kongelige slot venter Elizabeth på nyheder fra Fotringey. En gammel jarl fra Shrewsbury kommer til hende, der rapporterer, at de skriftlærde af Mary, der i retten viste skyld for deres elskerinde i forsøget på mordet på den engelske trone, nægtede deres ord og tilståede at besejre Lady Stuart. Elizabeth skildrer i sandhed hendes omvendelse i sin underskrift ved en retsafgørelse og beskylder alt den trægte sekretær. Lord Burley går ind. Mary Stuart henrettet. Elizabeth beskylder ham for hast for at henrette straffen. Lord Shrewsbury annoncerer sin beslutning om at forlade gården. Grev Leicester forlader straks efter henrettelsen af Mary i Frankrig.