I Ivan Petrovich Shuiskys hus, i nærværelse af mange præster og nogle drengere, beslutter de sig for at skille Fyodor Ioannovich med Tsarina, Godunovas søster, takket være hvem Boris under alle omstændigheder holdes. De udgør et papir, hvor de husker dronningens barskhed og Demetrius 'barndom og beder kongen om at indgå et nyt ægteskab. Golovin antyder Shuisky om muligheden for at sætte Demetrius i stedet for Fedor, men får en streng afvisning. Prinsesse Mstislavskaya bærer gæster rundt og drikker Fedors helbred. Shakhovsky, brudgom af Mstislavskaya, matchmaker Volokhov kalder stedet for det hemmelige møde. Ivan Petrovich sender en andragende til Metropolitan og beklager behovet for at ødelægge dronningen. Fedyuk Starkov, hans butler, rapporterer om, hvad Godunov har set. Efter at have modtaget information fra Uglich om Golovins forhold til Nagimi og set en trussel mod hans magt, annoncerer han til sine tilhængere, Lup-Kleshnin og Prins Turenin, om beslutningen om at forene sig med Shuisky. Fjodor ankommer og klager over en bukket hest. Dronning Irina vises, som Fedor mislykkeligt rapporterer om skønheden Mstislavskaya, som han så i kirken, og forsikrer straks dronningen, at hun er smukkere for ham end alle andre. Godunov taler om et ønske om at komme til enighed med Shuisky, og tsaren tager gerne sagen op.
Fedor annoncerer, at han agter at forene Godunov med Shuisky og beder om hjælp fra Metropolitan Dionysius og andre præster. Dionysius beskylder Godunov for at undertrykke kirken, mild til kættere og genoptage indsamlingen af skatter, som kirken blev frigivet fra. Godunov præsenterer ham beskyttelsesbreve og rapporter om forfølgelse af kætteri, der er foretaget. Kongen beder om støtte fra Irina og drengene. Ledsaget af populær entusiasme kommer Ivan Petrovich Shuisky. Fedor bebrejder ham for ikke at besøge Dumaen, Shuisky frarådes af umuligheden af at give samtykke til Godunov. Fjodor, der husker Skriften og kalder præster for vidner, taler om fordelene ved forsoning, og Godunov, som er lydig mod ham, tilbyder Shuisky samtykke. Shuisky bebrejder ham for ikke at ville dele statskontrol, som John testamenterede til fem drengere: Zakharyin (afdøde), Mstislavsky (kraftigt tuneret), Belsky (eksil), Godunov og Shuisky. Godunov, der retfærdiggør sig selv, taler om Shuiskys arrogance, at han brugte den eneste magt til fordel for Rusland, hvilket også bevises af; han tilføjer, at den vanskelige opgave at sætte en frustreret tilstand i orden var bare Shuysky. Og når Ivan Petrovich kalder sin tilhænger Metropolitan, rapporterer han om Godunovs handlinger til fordel for kirken og overtaler Shuisky til fred. Irina, der viser sit broderede omslag til Pskov-helligdommen, indrømmer, at dette er hendes bøneløfte til frelse af Shuisky, som engang er belejret af litauere i Pskov. En begejstret Shuisky er klar til at glemme den gamle fjendskab, men kræver sikkerhedsgarantier fra Godunov til sine medarbejdere. Godunov sværger og kysser korset. De inviterer de valgte fra mængden bragt af Shuisky. Fjodor taler med den gamle mand og ved ikke, hvordan man stopper ham, i hans nevø genkender han købmanden Krasilnikov, som for nylig underholdt ham med en bjørnekamp, minder om sin bror Golub, som besejrede Shakhovsky i fisticuffs - Godunov og Shuisky lykkedes ikke straks at vende tsaren tilbage til, hvad vælgerne blev opfordret til . Shuisky annoncerer en forsoning med Godunov, købmændene er bekymrede ("Du forsoner vores hoveder"), Shuisky er irriteret over hans mistillid til den person, der netop har svoret på korset. Forhandlere beder om beskyttelse mod kongen Godunov, men han sender dem til Boris. Boris beordrer stille og roligt at nedskrive navnene på de handlende.
Om natten i haven til Shuisky Princess Mstislavskaya og Vasilisa Volokhova venter på Shakhovsky. Han kommer, taler om kærlighed, om utålmodigheden, som brylluppet venter på, griner hende og spøger med hende. Krasilnikov kommer løbende, lader ind, Shakhovsky skjuler sig, opfordrer til Ivan Petrovich og rapporterer, at alle, der var med tsaren, blev fanget efter Godunovs ordre. Chokeret Shuisky beordrer Moskva at rejse til Godunov. Han havde antydet, at Dimitri Golovin pludselig brød af og sagde, at Boris havde narret sig selv i bedrag, gik hen til tsaren. De resterende gutter drøfter i mellemtiden andragendet og leder efter en ny dronning. Vasily Shuisky kalder prinsesse Mstislavskaya. Hendes bror besluttede ikke med det samme og ville i det mindste finde en grund til en krangel med Shakhovsky. Mens han tøver, skriver Golovin prinsessens navn i en andragende. Shakhovskaya vises og erklærer, at hun ikke vil opgive bruden. Prinsessen og Volokhova findes også. Med et generelt råb, gensidige trusler og irettesættelser griber Shakhovskaya et brev og løber væk. Godunov præsenterer for tsar-statspapirerne, hvis indhold han ikke går ind på, men er enig i Boris 'beslutninger. Tsarina Irina taler om et brev fra Uglich fra Dowager-dronningen med en anmodning om at vende tilbage med Dimitri til Moskva. Fjodor overlod sagen til Boris, men Irina krævede løsningen af "familieaffæren" fra ham; Fedor argumenterer med Boris og er irriteret over hans vedholdenhed. Shuisky kommer og klager over Godunov. Han låser ikke op og forklarer, at købmændene ikke blev taget for fortiden, men for at forsøge at forstyrre verden mellem ham og Shuisky. Tsaren er klar til at tilgive Godunov og tror, at de simpelthen ikke forstod hinanden, men det nådeløse krav om at forlade prinsen i Uglich er endelig vred på tsaren. Godunov siger, at han viger sig for Shuisky, Fedor beder ham om at blive. Shuisky, såret af tsarens opførsel, forlader. Kleshnin bringer Golovin Nagims brev sendt fra Uglich, Godunov viser det til tsaren og kræver, at Shuisky bliver taget i varetægt og eventuelt henrettet. I tilfælde af fiasko truer han med at forlade. Chokeret Fedor efter lang tøven afviser Godunovs tjenester.
Ivan Petrovich Shuisky trøster prinsesse Mstislavskaya: han vil ikke lade hende gifte sig med tsaren og håber, at Shakhovskaya ikke vil informere dem. Når han sender til prinsessen, accepterer han drengene og flygtninge Krasilnikov og Dove, og definerer alles opgaver, når han antager fjernelsen af den fattige Fedor og besætningen af Demetrius. Den fremmedgjorte Godunov, der sidder derhjemme, spørger Kleshnin om Volokhova og gentager mange gange, "så hun ville hore prinsen". Kleshnin sender Volokhov til UGLICH en ny mor, beordrer ham til at blive beskyttet og antyder, at hvis prinsen, der lider af en uafvenning, vil dræbe sig selv, vil de ikke spørge hende. I mellemtiden kan Fedor ikke finde ud af de papirer, der er forelagt ham. Kleshnin ankommer og rapporterer, at Boris blev syg af frustration, og Shuisky skal straks fængsles for hans intention om at hæve Demetrius til tronen. Fedor tror ikke. Shuisky går ind, hvortil Fedor taler om en opsigelse og beder ham om at retfærdiggøre sig selv. Prinsen nægter, kongen insisterer, Kleshnin skubber. Shuisky tilstår at oprør. Fjodor, bange for, at Godunov ville straffe Shuisky for forræderi, erklærer, at han selv beordrede at sætte prinsen på tronen og tvinger den chokede Shuisky ud fra rummet. Shakhovskaya brister ud i de kongelige kamre og beder om at returnere bruden til ham. Efter at have set underskrivelsen af Ivan Petrovich Shuisky græder Fedor og lytter ikke til Irinas argumenter om papirets absurditet. Han beskytter Irina mod fornærmelser og underskriver Borisovs orden og skræmmer både hende og Shakhovsky. På broen over floden optøjer den gamle mand folket for Shuisky, hussaren synger om hans tapperhed. En messenger kører med nyheden om tatarernes fremskridt. Prins Turenin med bueskytter fører Shuisky til fængsel. Folket, der er drevet ned af den gamle mand, ønsker at befri Shuisky, men han taler om sin skyld foran den "hellige" konge, og at de fortjener straf.
Kleshnin rapporterer til Godunov, at Shuiskys og deres tilhængere er fængslet og introducerer Vasily Ivanovich Shuisky. Han vender sagen som om han havde indledt en andragende til fordel for Godunov. Ved at forstå, at Shuisky er i hans hænder, lader Godunov ham gå. Tsarina Irina kommer til at gå ind for Ivan Petrovich. Godunov er klar over, at han er klar over, at Shuisky ikke vil stoppe med at diskutere med ham. På pladsen foran katedralen taler tiggere om en ændring i storbyen, som er uoverensstemmende med Godunov, om henrettelsen af købmænd, der stod bag Shuisky. Tsarina Irina fører Mstislavskaya for at bede om Shuisky. Fedor kommer ud af katedralen efter at have tjent en rekvisiem for tsaren Ivan. Prinsessen skynder sig ved hans fødder. Fedor sender Prince Turenin til Shuisky. Men Turenin rapporterer, at Shuisky kvalt sig selv om natten, beskylder sig selv for at have overset (fordi han bankede af mængden, der blev bragt til fængselet af Shakhovsky, og kun slå af ved at skyde Shakhovsky). Fedor skynder sig mod Turenin og beskylder ham for at have dræbt Shuisky og truer ham med henrettelse. Budbringeren bringer et brev fra Uglich om prinsens død. Den chokede konge vil selv finde ud af sandheden. Der kommer en besked om tilgangen til Khan og en tidlig belejring af Moskva. Godunov tilbyder at sende Kleshnin og Vasily Shuisky, og Fedor er sikker på Godunovs uskyld. Prinsesse Mstislavskaya siger, at hun har til hensigt at få sit hår klippet. Fedor, efter råd fra sin kone, overleverer hele regeringens byrde til Boris og husker hans intention om at "blive enige om alt, glatte alt ud", sørger over hans skæbne og sin kongelige pligt.