Marts 1865. I USA under borgerkrigen flygtede fem vovede nordboere fra en Richmond fanget af sydlendingerne i en ballon. En frygtelig storm kaster fire af dem på bredden af en ubeboet ø på den sydlige halvkugle. Den femte mand og hans hund gemmer sig i havet ud for kysten. Denne femte - en bestemt Cyres Smith, en talentfuld ingeniør og videnskabsmand, sjælen og lederen af en gruppe rejsende - holder uvidende sine kammerater i spænding i flere dage, som hverken kan finde ham eller hunden, der er helliget ham. Den tidligere slave lider mest af alt, og nu er Smiths loyale tjener negeren Nab. I ballonen sad også en krigsjournalist og Smiths ven, Gideon Spilet, en meget energisk og beslutsom person med et syvt sind; matros Pencrof, en godmodig og eventyrlig våghals; Femten år gamle Harbert Brown, sønnen af kaptajnen på det skib, som Pencrof sejlede på, forblev en forældreløs, og som søfareren behandler som sin egen søn. Efter en trættende søgning finder Nab endelig sin uforklarligt reddede vært, en kilometer fra kysten. Hver af de nye bosættere på øen har uerstattelige talenter, og under ledelse af Cyres og Spilet samles disse modige mennesker og bliver et samlet hold. Først, ved at bruge de mest enkle midler til rådighed, derefter producere mere og mere komplekse genstande af arbejdskraft og husholdningsartikler i deres egne små fabrikker, udstyrer nybyggerne deres liv. De jager, samler spiselige planter, østers og opdrætter endda op husdyr og driver landbrug. De arrangerer boliger for sig selv højt i klippen, i en hul, der er befriet for vand. Snart, takket være deres hårde arbejde og intelligens, kender kolonisterne ikke længere behovet for mad, tøj, varme og komfort. De har alt undtagen nyheder om deres hjemland, hvis skæbne de er meget bekymrede for.
Engang, når de vender tilbage til deres bolig, kaldet af dem Granitpaladset, ser de, at aber chopper inde. Efter en tid, som under påvirkning af vanvittig frygt, begynder aberne at hoppe ud af vinduerne, og nogens hånd kaster rebstigen, som aberne rejste ind i huset. Inde inde finder folk en anden abe - en orangutang, som de holder og kalder onkel Jupe. I fremtiden bliver Jupe en ven, tjener og uundværlig hjælper for mennesker.
På en anden dag finder nybyggerne i sandet en kasse med værktøjer, skydevåben, forskellige apparater, tøj, køkkenredskaber og bøger på engelsk. Bosættere spekulerer på, hvor denne boks kunne komme fra. Fra kortet, der også optrådte i boksen, finder de ud, at ved siden af deres ø, på kortet, der ikke er markeret, er øen Tabor. Sømanden Pencrof er ivrig efter at gå til ham. Ved hjælp af sine venner bygger han en bot. Når boten er klar, går de alle sammen på en testrejse rundt om øen. I løbet af den finder de en flaske med en note, der siger, at den skibbrudne mand venter på frelse på øen Tabor. Denne begivenhed styrker Pencroffs tillid til at besøge en nærliggende ø. Pencrof, journalisten Gideon Spilet og Harbert sejler. Ved ankomsten til Tabor opdager de en lille hytte, hvor ingen af alle indikationer har boet i lang tid. De spreder sig rundt på øen og håber ikke at se en levende person og prøver i det mindste at finde hans rester. Pludselig hører de Harbert skrige og skynde sig at hjælpe ham. De ser Harbert kæmpe med en slags aberedyret væsen. Aben viser sig imidlertid at være en vild mand. Rejsende binder ham og transporterer ham til deres ø. De giver ham et separat rum i Granitpaladset. Takket være deres opmærksomhed og bekymring vender vilde snart tilbage til en civiliseret mand og fortæller dem sin historie. Det viser sig, at hans navn er Ayrton, han er en tidligere kriminel, han ønskede at tage besiddelse af Duncan-sejlskibet og ved hjælp af de samme drager af samfundet blev han til et piratskib. Imidlertid var hans planer ikke bestemt til at gå i opfyldelse, og som straf for tolv år siden blev han efterladt på den ubeboede ø Tabor, så han ville realisere sin handling og soning for sin synd. Dog sagde ejeren af "Duncan" Eduard Glenarvan, at han en dag ville vende tilbage til Ayrton. Nybyggerne ser, at Ayrton oprigtigt omvender sig fra sine tidligere synder, og han prøver at være nyttig for dem på enhver måde. Derfor er de ikke tilbøjelige til at dømme ham for tidligere misforhold og villigt acceptere ham i deres samfund. Ayrton har dog brug for tid, og derfor beder han om en mulighed for at leve i koraller, som nybyggerne bygget til deres husdyr i et stykke fra Granitpaladset.
Da botten vendte tilbage til stormen fra Tabor-øen om natten, blev den reddet af et bål, som, som de troede, flydende på det, blev tændt af deres venner. Det viser sig imidlertid, at de ikke var involveret i dette. Det viser sig også, at Ayrton ikke kastede en flaske note i havet. Bosættere kan ikke forklare disse mystiske begivenheder. De er i stigende grad tilbøjelige til tanken om, at ud over dem på øen Lincoln, da de døbte ham, er der en anden, der bor, deres mystiske velgøren, der ofte hjælper dem i de mest vanskelige situationer. De går endda på en søgekspedition i håb om at finde hans bopæl. Imidlertid ender søgningen til ingen nytte.
Den næste sommer (for siden det tidspunkt, hvor Ayrton optrådte på deres ø, og inden han fortalte dem sin historie, er der allerede gået fem måneder, og sommeren er forbi, og det er farligt at sejle i den kolde sæson), beslutter de at komme tilbage til Tabor Islands til at efterlade en note i hytten. I notatet har de til hensigt at advare kaptajn Glenarvan, hvis han vender tilbage, at Ayrton og fem andre ødelagte ofre venter på hjælp på en nærliggende ø.
Bosættere har boet på deres ø i tre år. Deres liv, deres økonomi nåede velstand. De høster allerede rige afgrøder af hvede, der er dyrket af et enkelt korn, som blev fundet i Harberts lomme for tre år siden, bygget en mølle, avlet fjerkræ, fuldt udstyret deres bolig, lavet nye varme tøj og tæpper til sig selv fra mouflonuld. Imidlertid overskygges deres fredelige liv af en hændelse, der truer dem med døden. En gang de ser på havet ser de et veludstyret skib i det fjerne, men et sort flag flyver over skibet. Skibet ankres ud for kysten. Det viser smukke pistoler med lang rækkevidde. Ayrton sniker sig ind i skibet i løbet af natten for at gennemføre rekognosering. Det viser sig, at der er halvtreds pirater på skibet. Ayrton, der på mirakuløst vis glider væk fra dem, vender tilbage til kysten og informerer sine venner om, at de er nødt til at forberede sig til slaget. Den næste morgen stiger to både fra skibet. På den første skyder nybyggerne tre, og hun vender tilbage, den anden lander på stranden, og de seks resterende pirater på hende gemmer sig i skoven. Kanonerne brændes fra skibet, og det kommer endnu tættere på kysten. Det ser ud til, at intet har magten til at redde en håndfuld bosættere. Pludselig stiger en enorm bølge under skibet, og den synker. Alle pirater der dør. Som det senere viser sig, blev skibet sprængt af en mine, og denne begivenhed overbeviser til sidst øens indbyggere om, at de ikke er alene her.
Først vil de ikke udrydde piraterne og ønsker at give dem muligheden for at leve et fredeligt liv. Men det viser sig, at røverne ikke er i stand til dette. De begynder at rane og brænde nybyggeres husholdning. Ayrton går til koralen for at besøge dyrene. Pirater griber ham og fører ham til en hule, hvor de vil torturere ham for at blive enige om at gå til deres side med tortur. Ayrton giver ikke op. Hans venner hjælper ham, men er alvorligt såret i Harberts koral, og hans venner forbliver i ham uden at kunne vende tilbage med den unge mand, der var ved at dø. Efter et par dage rejser de stadig til Granitpaladset. Som et resultat af overgangen begynder Harbert en ondartet feber, han er ved død. Endnu en gang griber forsynenheden ind i deres liv, og hånden på deres gode mystiske ven kaster dem den nødvendige medicin. Harbert er i fuld bedring. Nybyggerne har til hensigt at levere det sidste slag til piraterne. De går til koralen, hvor de agter at finde dem, men finder Ayrton, der er udmattet og næppe i live, og i nærheden af røverne. Ayrton rapporterer, at han ikke ved, hvordan han endte i koralen, som bragte ham fra hulen og dræbte piraterne. Han rapporterer dog en trist nyhed. For en uge siden gik banditterne til søs, men uden at vide, hvordan de skulle kontrollere boten, brød den på kystrevene. Turen til Tabor skal udsættes indtil opførelsen af et nyt køretøj. I løbet af de næste syv måneder gør den mystiske fremmed sig ikke opmærksom. I mellemtiden vågner en vulkan op på øen, som kolonisterne troede var allerede død. De bygger et nyt stort skib, der om nødvendigt kunne levere dem til beboet land.
En aften, som allerede gør sig klar til at gå i seng, hører indbyggerne i Granitpalatset en bjelle. Telegrafen, som de tilbragte fra koraller til deres hjem, fungerer. De kaldes hurtigt ind i koralen. Der finder de en note, der beder dem gå langs den ekstra ledning. Kablet fører dem til en enorm grotte, hvor de til deres forbløffelse ser en ubåd. I den bliver de bekendt med sin herre og hans protektor, kaptajn Nemo, den indiske prins Dakkar, der har kæmpet for sit lands lands uafhængighed hele sit liv. Han, allerede en tres år gammel mand, der begravede alle sine medarbejdere, er i nærheden af døden. Nemo giver nye venner en kiste med juveler og advarer om, at når vulkanen opstår, vil øen (sådan er dens struktur) eksplodere. Han dør, nybyggerne vender bådens luger op og sænker den under vandet, og de bygger det nye skib utrætteligt hele dagen lang. De har dog ikke tid til at afslutte det. Alt liv omkommer under eksplosionen af øen, hvorfra kun et lille rev i havet er tilbage. Nybyggere, der tilbragte natten i et telt på kysten, kastes i havet af en luftbølge. Alle af dem, med undtagelse af Jupe, forbliver i live. I mere end ti dage har de siddet på revet, næsten døende af sult og ikke længere håbet på noget. Pludselig ser de et skib. Dette er Duncan. Han redder alle. Som det senere viser sig, fløj kaptajn Nemo, mens boten stadig var intakt, på den til Tabor og efterlod en note til redningsmændene.
Vender tilbage til Amerika for de smykker, der er doneret af kaptajn Nemo, køber venner et stort stykke jord og lever på det på samme måde som de boede på Lincoln Island.