Familien Darling har tre vejrbørn. Den ældste er Wendy, så kommer John og derefter Michael. De har en usædvanlig barnepige - en stor sort dykkerhund ved navn Nena. En aften, der går ind i soveværelset med børnene allerede i sengen, ser fru Darling en dreng flyve ind i vinduet, og efter ham - et underligt lysende sted. Hun skrig overrasket, Nan løber for at skrige. Drengen formår at fladre ud af vinduet, men i Senas tænder forbliver hans skygge! Fru Darling ruller det op og sætter det i en kommode.
Et par dage senere besøger fru og Mr. Darling. I en fart kolliderer Mr. Darling med Nena og på hans bukser - det er problemet! - frakken forbliver. Mr. Darling sparker Nana ind i gården og sætter hende på en kæde. Så snart forældrene forlader huset, flyver et lille lys til børnene - dette er Tinker Bell-fe, hun leder efter en skygge. Efter hende vises Peter Pan. Ved tegnet af Tinker Bell (en fe kan ikke tale, hun foretager en melodiøs ringning) finder Peter en skygge og prøver at fastgøre den tilbage, men intet kommer ud. Peter begynder at græde, og hans sobs vækker Wendy. Da hun lærte, hvad der foregik, syer Wendy en skygge på Peters hæle. Det gør lidt ondt, men han lider. Ved at føle tillid til Wendy fortæller Peter hende om sig selv: Han løb væk hjemmefra og besluttede at aldrig blive voksen.Han bor på Netinebud Island med de fortabte drenge ("når et barn falder ud af en klapvogn, rejser han til Netinebud land"). På samme tid viser det sig noget om fe: det viser sig, at fe er født af børns latter, og at hvert barn har sin egen fe. Men så snart nogen synes "dum, er der ingen fe i verden" - og fe dør.
Efter at have lært, at Wendy ved, hvordan man fortæller historier, ringer Peter Wendy til øen (”Jeg vil lære dig at flyve, og vi vil flyve sammen”), så hun fortæller eventyr og er mor til alle de mistede drenge. Wendy tøver, men er stadig enig. John og Michael flyver med hende.
Indbyggerne på øen forbereder sig på at mødes med Peter. Drengene leder efter et sted, hvor Peter vil lande. Pirater, ledet af kaptajn Jez Hook, leder efter drenge, rødskind (deres leder er Great Little Panther) leder efter pirater, og vilde dyr leder efter rødskind for at spise dem.
Forebyggelse af Wendys ankomst vises fe Tinker Bell. Hun (af jalousi!) På vegne af Peter beordrer drengene til at skyde Wendy med en bue. De har ingen grund til at tvivle, og en af dem skyder. Wendy falder til jorden og ligger død. Men hun døde ikke, hun blev frelst af en eikel, der hang rundt om halsen, en gave fra Peter Pan og en pil gennemborede ham. Men Wendy er meget svag, og alle drenge, ledet af Peter, der nærmer sig, bygger hende et hus og opretter det lige omkring hende. Huset viser sig ret godt. Wendy er alvorligt engageret i sine opgaver: hun laver mad, sletter, smider og fortæller selvfølgelig eventyr.
Pirater forlader ikke drengene alene. Kaptajn Hook - hans navn er det, siden Peter skar hånden af, i stedet for at han skulle fikse jernkroken - Peter kan ikke tilgive dette, især da krokodillen sluk hans hånd så meget, at han kunne lide det så meget, at han jager Hook Det er godt, at du kan høre det ved afkrydsning af kaptajnets armbåndsur, som ikke stoppede med at gå i krokodillemaven. Kaptajnen kommer med ideen om at bage den forgiftede kage for at drengene skal dø, men han lykkes ikke med at opnå noget på denne måde - Wendy tillader dem ikke at spise slik, og kagen forbliver sikkert i engen, indtil kaptajnen snubler over det i mørket og falder til jorden. En dag ønsker piraterne at binde den indiske prinsesse Tiger Lily til en klippe i lagunen for at oversvømme den med en tidevand. Peter Pan formår at narre piraterne ved at beordre dem (af Captain Hooks stemme) til at løslade hende. Så skal Peter kæmpe med Hook, og han sår ham. Peter redder fuglen. Nej.
En aften fortæller Wendy drengene deres yndlings eventyr - om hvordan en herre og en dame boede, hvor børnene en dag fløj til Netinebud Island. Og hvordan de altid holdt vinduet åbent, så børnene kunne flyve hjem.
Peter gør indsigelse mod Wendy: han havde også tænkt på mødre som det før, og derfor havde han ikke travlt med at vende tilbage. Og da han ankom, blev vinduet lukket, og en anden dreng sov i sin seng.
Derefter indser John og Michael, Wendy-brødrene, at de er nødt til at skynde sig hjem.Wendy ringer også med resten af drengene, overbeviste om, at hendes forældre helt sikkert vil adoptere dem. Alle er enige, undtagen Peter Pan, der ikke ønsker at blive stor. Peter beder indianerne om at se Wendy og drengene, men piraterne griber ind igen. De formår at besejre indianerne på uærlige måder og fange Wendy og drengene. Peter lærer dette fra Tinker Bell og skynder sig at redde. Der er en afgørende kamp mellem Peter Pan og Captain Hook. Piraterne er besejret. Drengene og Wendy flyver hjem.
I mellemtiden fortsætter fru og hr. Darling i London og venter på børnene og lukker aldrig børnehavets vinduer. Og Mr. Darling kan ikke tilgive sig selv for ikke at have sparket Nanu ud af huset den frygtelige aften og sat hende på en kæde. Derfor svor han, indtil børnene vendte tilbage til at bo i et hundehus, han blev ført til at arbejde i det og bragt hjem fra arbejde. Fru Darling sætter sig ved klaveret og begynder at spille. På dette tidspunkt ankommer Peter og Tinker Bell. De lukker vinduet, så Wendy beslutter, at mor ikke længere venter på hende og ikke elsker hende, og ville vende tilbage med Peter til øen. Men der er stor tristhed i lyden af musik, og Peter åbner vinduet igen. Wendy, John og Michael flyver i vinduet og klatrer op i deres senge. Mor opdager dem, opfordrer til sin far, og Nana løber også ind i rummet. Alle er glade. Og drengene venter nedenfor, mens Wendy fortæller deres forældre om dem. Efter at have talt til fem tusind, kommer de ind i huset og stiller sig op foran fru Darling. Selvfølgelig besluttede både fru og hr. Darling at adoptere dem! Peter flyver til øen igen. Han lover Wendy at flyve næste år, men glemmer det.Og når Peter dukker op igen, er Wendy allerede gift, og hun har en lille datter Jane.
Når han ikke lægger mærke til ændringerne, ringer Peter Wendy med sig, men hun nægter med et suk, fordi hun allerede er voksen. Wendy forlader rummet for at slappe af, og Peter Pan sidder på gulvet og græder. Hans sobs vækker Jane.
Og alt gentages igen.
Når Jane vokser op, fødes hendes datter Margaret, og nu flyver Margaret med Peter Pan til Netinebud Island ... Og dette vil fortsætte, indtil børnene ophører med at være så muntre, uforståelige og hjerteløse.
